En el año 1958, mediante un Decreto-Ley, se crea el Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET), en respuesta a la percepción socialmente generalizada de la necesidad de estructurar un organismo académico que promoviera la investigación científica y tecnológica en el país. Su primer presidente fue el Dr. Bernardo A. Houssay, Premio Nobel de Fisiología y Medicina en 1947.

A partir del 1971, CONICET inicia la construcción de Centros Regionales, un proyecto de indudable trascendencia para el desarrollo científico-técnico del país. Éstos, debían estar dotados de la infraestructura necesaria para la instalación de institutos y laboratorios, y contar con los mecanismos que aseguraran la transferencia de conocimientos y la formación de recursos humanos a nivel de posgrado.

En 1976 se crea el Centro Regional de Investigación y Desarrollo de Santa Fe (CERIDE). Entre los objetivos originales de la creación del CERIDE, en la ciudad de Santa Fe, el principal residió en que se tratara de un verdadero modelo de “polo científico-tecnológico”. Al mismo tiempo, se lo definió como un complejo integrado e interdisciplinario: integrado, por cuanto los diferentes institutos que lo compusieran contarían con una serie de servicios centralizados de uso común, lo cual permitiría asegurar la máxima economía de recursos; e interdisciplinario, porque la concentración de los Institutos respondía a la necesidad de organizar programas de investigación comunes.

A partir de entonces se integran al CERIDE: el Instituto de Desarrollo Tecnológico para la Industria Química (INTEC) -creado en junio de 1975- y el Instituto Nacional de Limnología (INALI) -creado en 1962-. En 1978 se suma el Instituto de Investigaciones en Catálisis y Petroquímica (INCAPE), en 1980 el Instituto de Desarrollo y Diseño (INGAR) y en 1999, el Instituto de Matemática Aplicada del Litoral (IMAL).

En el año 2004, fruto del crecimiento del plantel de científicos y técnicos, la multiplicación de proyectos de investigación y la necesidad de servicios acordes a los nuevos tiempos, el CERIDE decide hacer frente al desafío. Así comienza el traslado de algunos servicios y algunos institutos hacia su nuevo emplazamiento en el Paraje El Pozo, al norte de la Ruta Nacional Nº168, denominado PREDIO CONICET Santa Fe. A partir de la resolución Nº 3111 de fines de diciembre de 2006, el Directorio del CONICET pone en marcha una nueva estructura, la de Centros Científico-Tecnológicos que constituirán la base de su renovada conformación institucional. Santa Fe es una de las primeras plazas en las que dicha estructura se aplica, creándose el Centro Científico Tecnológico (CCT) CONICET Santa Fe. En este nuevo marco el CERIDE se transforma en la Unidad de Administración Territorial (UAT) del CONICET Santa Fe.

Para aprovechar las potencialidades que brinda nuestra región, el CONICET crea en Santa Fe y adhiere al CCT cinco nuevos Institutos a los ya mencionados. En 2007, se incorporó el Instituto Nacional de Lactología Industrial (INLAIN); en 2008, el Instituto de Agrobiotecnología del Litoral (IAL); en 2012, el Centro de Investigación en Mecánica Computacional (CIMEC) y el Instituto de Ciencias Veterinarias del Litoral (ICiVet-Litoral); en 2013, el Instituto de Física del Litoral (IFIS-Litoral) y el Instituto de Salud y Ambiente del Litoral (ISAL); en 2014, el Instituto de Investigación en Señales, Sistemas e Inteligencia Computacional (sinc(i)), en 2015, el Instituto de Humanidades y Ciencias Sociales del Litoral (IHUCSO); finalmente, en 2016, el Instituto de Química Aplicada del Litoral (IQAL).

El 13 de octubre de 2016, por Resolución de Directorio de CONICET Nº 3579, el Centro de Investigaciones Científicas y Transferencia de Tecnología a la Producción (CICYTTP), sito en Diamante (Entre Ríos) se incorpora al CCT Santa Fe.

Hoy, el CONICET Santa Fe cuenta con más de 1.000 integrantes que trabajan en 15 institutos de investigación, en la unidad de administración y en la zona de influencia. El CCT constituye una estructura de producción de conocimiento científico y desarrollo tecnológico de alto nivel que tiene como objetivos primordiales el crecimiento de nuestro país y el bienestar de su gente.