A partir del año 2012, el Consejo Directivo (CD) del CONICET Santa Fe viene creando Comisiones Asesoras que tienen como objetivo dar análisis y tratamiento a los temas que les son delegados por el CD. Están formadas por miembros de los distintos Institutos del CCT y sus funciones son las de asesorar al CD en los temas de su área de competencia.

CEYSTE: Comité de Ética y Seguridad en el Trabajo Experimental en funcionamiento desde junio de 2016. Integrantes: ver aquí. 

CORS: Comisión de Operaciones de Redes y Servicios. Funciona regularmente desde diciembre de 2016. Integrantes: ver aquí.